การแหวกม่านประเพณีของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่ทรงพระราชทานอนุญาตให้มีละครหญิงได้นั้น ทำให้เจ้านายชั้นสูง เสนาอำมาตย์ขุนนางต่าง ๆ พากันเปลี่ยนแปลงเพศของผู้แสดงในสังกัดตนเองเป็นอย่างมาก ทำให้แต่เดิมโขนที่มีเฉพาะผู้ชายล้วนนั้น เริ่มมีการเล่นผสมผสานกับละครหญิง ที่ได้รับความนิยมแทนที่โขนอย่างรวดเร็ว เป็นเหตุให้หัวหน้าคณะที่เคยฝึกหัดและทำนุบำรุงโขนไว้ ก็เริ่มเปลี่ยนแปลงการแสดงในสังกัดตนเอง บางรายก็มีโขนและละครหญิงควบคู่กันไป บางรายถึงกับยกเลิกโขนในสังกัดและเปลี่ยนมาหัดละครหญิงเพียงอย่างเดียว ทำให้โขนค่อย ๆ สูญหายไป ยกเว้นบางสังกัดที่มีความนิยมชมชอบศิลปะไทยแบบโบราณเช่นโขน ที่ยังคงอนุรักษ์รักษาไว้สืบต่อมาจนถึงปัจจุบัน และโขนหลวงที่พระมหากษัตริย์ทรงอุปถัมภ์ไว้เท่านั้น รวมทั้งได้ก่อตั้งเป็นกรมโขนขึ้นก่อนจะยกเลิกไปในสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3
ต่อมาภายหลังจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จสวรรคตแล้ว โขนที่เริ่มเข้าสู่ยุคเสื่อมโทรมก็ยิ่งตกต่ำลงอย่างรวดเร็ว ทั้งในด้านของสภาพจิตใจผู้แสดงและในด้านของศิลปะวัตถุ และในสมัยของพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 7 ทรงโปรดให้เลิกโรงมหรสพต่าง ๆ รวมทั้งโขน เนื่องจากมหรสพต่าง ๆ นั้นเป็นการสิ้นเปลืองพระราชทรัพย์ในท้องพระคลังเป็นอย่างมาก และโอนงานทางด้านนาฏศิลป์และศิลปะ ให้อยู่ภายใต้สังกัดของกรมศิลปากร
